1904年2月台湾南部の塩水港庁岸内庄（現 台南県）に資本金30万円をもって「塩水港製糖会社」が創立され、赤糖の生産を開始致しました。これが当社の起源であります。
その後、1938年には資本金を6,000万円とし、工場は台湾内に7ヶ所、日本国内に2ヶ所（東京1、大阪1）を擁する製糖会社となりました。
戦後、1950年7月、塩水港倉庫株式会社として新たに発足致しました。（本社：東京都中央区日本橋 支店：大阪市此花区）その後の主な変遷は次のとおりであります。
- 1950年 8月
- 社名を「塩水港精糖株式会社」に変更。
- 1951年 1月
- 精糖事業を復活。
- 1961年10月
- 東京証券取引所市場第2部に上場。
- 1964年 8月
- 大洋漁業株式会社（現 マルハニチロ株式会社）と資本提携。
「パールエース」ブランドの誕生。
- 1966年 3月
- 横浜工場竣工（溶糖能力650トン／日）。
- 11月
- 本社を横浜市大黒町へ移転。
- 1971年 2月
- 横浜工場溶糖能力750トン／日に増強。
- 9月
- 宮本産業株式会社（後の株式会社パールフーズ（現連結子会社））設立。
- 1973年 1月
- 大阪府泉佐野市に大阪工場竣工（溶糖能力500トン／日）。
- 1982年 4月
- エントウ産業株式会社（後の株式会社イーエス（連結子会社））設立。
- 1983年10月
- 東洋精糖株式会社と業務提携し共同生産会社として、太平洋製糖株式会社を設立。
大阪工場にてサイクロデキストリンの生産を開始。
- 1989年10月
- 糖質研究所竣工。
- 1990年 6月
- 久野修慈、社長就任。
- 11月
- 乳糖果糖オリゴ糖の生産を開始。
- 1993年 9月
- エントウ産業株式会社、「株式会社イーエス」へ商号変更。
- 1994年 9月
- 株式会社ナルミヤを増資引受により関連会社とする。
- 11月
- 乳糖果糖オリゴ糖を主成分とする新商品「オリゴのおかげ」の全国販売を開始。
- 12月
- 宮本産業株式会社、「株式会社おかげさま.」へ商号変更。
- 1995年10月
- 「オリゴのおかげ」シリーズ全製品につき、「特定保健用食品」表示許可（整腸作用）を取得。
- 1998年10月
- マルハ株式会社（現 マルハニチロ株式会社）の全額出資子会社として株式会社パールエース設立。当社の総発売元となる。
- 2001年10月
- 横浜共同生産工場（太平洋製糖株式会社）において、塩水港精糖株式会社、東洋精糖株式会社、フジ日本精糖株式会社三社による共同生産開始。
- 2002年 3月
- 塩水港精糖株式会社、大日本明治製糖株式会社、大東製糖株式会社三社出資により関西製糖株式会社を設立。7月に共同生産を開始。
- 7月
- 本社を東京都中央区日本橋へ移転。
- 2005年 3月
- マルハ株式会社との資本提携を解消し、三菱商事株式会社と資本提携。
総発売元である株式会社パールエースを子会社とし、新たな生産・販売体制をスタート。
株式会社パールエースが子会社となったことに伴い、同社の関連会社である南西糖業株式会社が当社の関連会社となる。
浅倉三男、社長就任。
- 9月
- 関西製糖株式会社へ中日本氷糖株式会社が出資参加。
10月、当社、大日本明治製糖株式会社、大東製糖株式会社、中日本氷糖株式会社四社による共同生産を開始。
- 2008年 5月
- 本社新社屋（ニューESRビル）竣工。
- 2011年 1月
- 株式会社パールエースをパールエース株式会社に商号変更。
新設分割によりパールエース株式会社を分割会社、株式会社パールエース（現連結子会社）を承継会社とする会社分割を実施。
パールエース株式会社を吸収合併。
株式会社イーエスを吸収合併。
- 2014年 1月
- 東京証券取引所市場第１部指定
- 5月
- 山下裕司、社長就任。
- 8月
- 塩水港精糖株式会社 創立110周年「パールエース印」ブランド 50周年。
- 2019年 6月
- 丸山弘行、社長就任。
- 10月
- 株式会社おかげさま.、「株式会社パールフーズ」へ商号変更。
- 2020年11月
- ビーツをドリンクにした新商品「奇跡の野菜といわれるビーツをドリンクにしました」を発売。
- 2021年 4月
- 久野修慈、社長就任。
- 2023年 6月
- 木村成克、社長就任。
- 2023年 7月
- 大東製糖株式会社と業務提携。
2023年7月1日現在